海南州藏医院始建于一九八0年，是一所集藏医医疗、预防、教学、科研及藏药制剂为一体的二级甲等藏医医院，是全州藏医药业务技术指导中心、藏药制剂中心、藏医药人才培训和实习基地，是全州各类医疗保险定点医院，承担着海南州42万各族人民和周边地区群众的医疗保健服务。医院占地面积7652平方米，建筑面积6415.88平方米，其中业务用房3859.6平方米；医院设有门诊部、综合内科、肝胆病专科、药浴专科、妇科、外治科、药械科、藏药制剂科等科室；其中药浴专科为国家级重点专科，肝胆病专科为省级重点专科；共开设病床154张，其中药浴专科26张、肝胆病专科56张、综合内科72张；辅助检查设备有DR机、彩超、心电图、胃镜、全自动生化分析仪、红外光妇科治疗仪等；海南州藏医院核定编制人数为80人，在编72人，其中卫生技术人员65人，占职工总数的90%。在卫生技术人员中高级以上职称15人，中级以下职称50人；自聘92人。年门诊量达49893人次；收治住院病人达3628人次;藏医参与治疗率达到96%，治愈好转率为96.8%；业务收入达2204余万元；生产藏药达25026公斤。
海南州藏医院制剂中心生产的藏药品种有250余种，其中七十味珍珠丸、仁庆芒觉、仁青章交、二十五味松石丸等名贵仁青系列藏药15种，年产量达25026公斤。海南州藏医院生产的藏药制剂除了满足医院临床需求外，还向州属五县各级医疗机构调剂使用。
近年来，海南州藏医院在上级主管部门的大力支持下，始终坚持“以病人为中心，以质量为核心”的服务理念，积极开展了“先住院后结算”、大病医疗保险等新业务，在全院实行了绩效考核，实现了优绩优酬，积极争取重点专科项目资金，加大投入力度，拓展藏医药特色业务，努力为广大人民群众提供满意的医疗服务，取得了空前喜人的成绩，赢得了社会各界的广泛赞誉。
医院于1990年被评为全省卫生工作先进单位；1994年被评为全国卫生先进集体；1996年被评为全国示范藏医医院；1998年被评为全省文明窗口单位和抗洪救灾先进集体；2000年被评审为二级甲等藏医医院；2010年被评为全省卫生工作先进集体、全省社会治安综合治理暨平安创建先进集体；2012年荣获全省优质护理服务“先进病房”、全州卫生工作先进集体；2013年荣获全国中医医院优质护理服务“先进病房”、全省藏医特色护理先进集体、全省爱国卫生先进集体等荣誉称号。
 
 本科室设有门诊药房、中心药房、B超室、电生理室、化验室、放射科等分支部门。全科共有职工25人，其中有副高级以上职称的3人，中级6人，中级以下11人。各分支科室都有临床经验相当丰富的资深专家。近年来，精湛的诊疗技术，高尚的医德医风，良好的服务态度，加之药械科实行一站式服务，大大方便了患者挂号、就诊、检查、划价、取药。彻底解决了以往就诊过程中存在的种种困难。  门诊部设有消化科、肝胆科、心脑血管科、妇科、门诊注射室、专家门诊等科室，共有专业技术人员10人，各科均有资深藏医专家坐诊。因诊疗技术高超，态度和蔼可亲，进一步优化、简化诊疗程序，全面提高人性化服务水平，为群众提供了高效、优质的藏医药服务，赢得了广大农牧民群众的一致称赞。海南州藏医院综合内科是诊治内科常见病、多发病、疑难杂症等疾病的综合性科室，共有医护人员28人，其中副高3人。长期以来本科室注重诊治整体协调、强调综合分析，辩证归纳，对症施药。近年来，本科室在藏医传统疗法的基础上结合现代医疗技术，精心诊治多种内科疾病，大幅度地提高了治愈、好转率，赢得了广大群众的口碑，收到了良好的效果。连续两年被评为“先进科室”。海南州藏医院在药浴专科和肝胆病专科的基础上积极开展藏医外治特色诊疗项目，经过几年的酝酿和筹备，于去年7月份正式成立外治科，现已形成一定规模。规范的外治技术，初现显著成效；新型的管理模式，体现了藏医外治特色，科室共有医务工作者15人。由于全科上下的齐心协力，开拓进取，精益求精，加之，本科室开展的放血、艾灸、金针、涂擦、角罐、热敷、油脂等传统疗法，以藏医传统诊疗技术与现代理疗仪器及按摩理疗相结合，根据患者个体差异，选定有效部位，对各种慢性、顽固性疑难病症具有独特的疗效，深受广大群众的欢迎和称赞。藏医药浴科创建于1980年，是我院唯一最具特色的国家中医药管理局重点专科建设单位。截止目前，共有医护人员22人，取得副高级职称的有3人，本科室以“五味甘露汤”为主药，根据不同疾病的需要加用其他辅药辩证施治，以水浴、蒸浴和敷浴等治疗方法达到治疗目的，对痛风、各种皮肤病、妇女产后风、坐骨神经痛、肩周炎、风湿性关节炎以及类风湿性关节炎疗效显著，加上近年来进一步改善服务态度，进一步规范化、精细化管理，全面开展优质护理工作和深入贯彻“以人为本”的服务理念，治愈、好转率持续上升，充分体现了我院特色优势，受到了社会各界的高度赞誉，从很大的程度上提高了我院知名度。连续三年被评为“先进科室”。肝胆病专科成立于2011年，以原有内科为前身，从内科抽调一部分擅长诊治肝胆疾病的医务工作者组建起来的，是我院唯一的省级重点专科。现有医护人员23人，其中取得副高级职称的有3人，在诊治各种肝炎、肝硬化、胆囊炎、胆囊息肉、胆结石、胆汁反流性胃炎等疾病方面有独到的见解。该科室自成立以来，在主任和护士长的正确领导和科学管理下，全体医护人员善于学习，重于研究，甚于实践，精诚合作，互助互爱，积极进取，开拓创新，以“人性化服务”为兴科之本，以优质、高效的医疗服务，热情的态度，高尚的医德医风，赢得了广大患者群众的一致好评。因业绩突出，该科室主任被海南州卫生局评为2012年度“全州卫生工作先进个人”，本科室连续两年获得院内“先进科室”荣誉称号，不愧为德艺双馨的医苑明珠。海南州藏医院制剂科按GPP要求设计，人才配备、技术实力、生产设施设备等均居全省领先水平，现有职工28人，其中藏药专业技术人员有8人，取得中级以上职称的有5人。近年来，在院领导的再三强调和大力支持下，本科室狠抓制剂质量，严把药材收购检验关，从药品原材料入手，加大对原材料的精选力度，从而有效提高药品质量。目前，我院生产的藏药品种有250余种，已取得藏药制剂批准文号的有169种，其中七十味珍珠丸、仁青常觉、二十五味松石丸、仁青芒觉等仁青系列藏药15种。由于特派行家里手先后到全国各地，甚至尼泊尔等其他国家采购名贵稀有藏药材，原辅料质量上乘，加上制剂配方独特，精选细挑，大大提高了制剂质量。因药品临床疗效显著，该科室在全州乃至全省藏医药界享有较高的声誉，所生产的藏药制剂除了满足本院临床需求外，还承担着州属五县各级医疗机构的藏药供应任务。